Další sakrální stavby
Na nejvyšším bodě města byl postaven kostel sv. Mikuláše (svatému Jiljí byl zasvěcen až ve 30. letech 17. století). Stavěn byl nepochybně brzy po založení města, tedy v posledních letech vlády Přemysla Otakara II. a zejména v době vlády Václava II. Postaven byl z cihel, z pískovce je jen základ kostela a zdobné prvky jako jsou ostění nebo portály, později byl pískovec použit i na stavbu tzv. bílé věže. Nejstarší částí kostela je pětiboce ukončený presbytář postavený ve druhé polovině 13. století. Z téže doby pochází i severní kaple. Roku 1343 kostel vyhořel a následně byl opraven a dostavěn do podoby trojlodní baziliky. Současně s lodí kostela byla postavena severní červená cihlová věž. Do 60. let 14. století je možné klást vznik nástěnné malby Ukřižování. Nápis v jižní sakristii pochází z doby kolem roku 1370, stejně jako zbytky maleb v jižní lodi, které představují sv. Zikmunda, sv. Václava, sv. Ludmilu, Nejsvětější Trojici, Adama a Evu aj. Kolem roku 1370 byla k jižní straně presbytáře přistavěna obdélná kaple sv. Doroty, která je dnes využívána jako sakristie. Jižní věž označovaná jako „bílá“, která sloužila též jako městská hláska, byla postavena z pískovcových kvádrů Parléřovou hutí kolem roku 1380. Dílem Parléřovy huti jsou také křížové klenby severní a jižní lodě, hvězdová žebrová klenba podvěží nesená figurálními konzolami se symboly čtyř evangelistů, portál se znakem města Nymburka, který zdobí průchod z podvěží na schody na kruchtu a portál s motivem Veroničiny roušky z věže na kruchtu. Kolem roku 1400 či krátce poté byla postavena při jižní straně presbytáře předsíň, počátkem 16. století byla k jižní straně lodi přistavěna další pozdně gotická předsíň. V letech 1520–1530 vznikla severní předsíň, kolem roku 1600 byla rozšířena kruchta. Za třicetileté války, v letech 1631 a 1634 (tehdy bylo v kostele zavražděno kolem 200 měšťanů) byl kostel velmi poškozen, v té době zanikla většina středověkého mobiliáře. Jednou z mála velmi cenných středověkých památek je cínová křtitelnice, dílo kutnohorského zvonaře Ondřeje Ptáčka z roku 1488. Nejcennějším uměleckým dílem je socha sv. Mikuláše, jemuž byl kostel původně zasvěcen, která byla vytesána v Parléřovské dílně ve 14. století. Původně byla umístěna na opěráku na jižní straně kostela, odkud byla roku 1942 přenesena do jeho interiéru.
Nedostatek finančních prostředků a zejména totální zkáza města za třicetileté války, kdy většina domů byla vypálena nebo těžce poškozena, znemožnily rychlejší opravu kostela. Ještě roku 1666 nymburští měšťané v dopise císaři uvádějí: „…kostel máme na zboření…“. K opravě došlo ve druhé polovině 17. století, kdy byl presbytář nově zaklenut barokní klenbou, a věže byly opatřeny barokními helmicemi. Kostel byl postupně vybavován novým barokním mobiliářem, který se dochoval dodnes. Roku 1835 byla odstraněna severní věž kostela, její zdivo bylo sneseno do úrovně kostelní římsy. V 60. letech 19. století byl kostel regotizován pod vedením architekta B. Gruebera a stavitele M. Červeného. V té době byl presbytář zaklenut novou pseudogotickou klenbou. Původní stavební články byly pokryty sádrovou dekorací a došlo i na regotizaci věže. Druhou regotizaci vedl v letech 1913–1918 Kamil Hilbert, který spolupracoval se sochařem V. Suchardou. Ten nechal odstranit nevhodné Grueberovy zásahy vyjma prací na jižní věži, mj. byl znovu nově zaklenut presbytář, bylo téměř nově vystavěno patro jižní věže, zaklenuta stará sakristie, zrestaurovány nebo nově zhotoveny kružby oken a opraveny portály. Další opravy kostela se týkaly zejména krytiny, v 80. letech byly prejzy na střeše kostela nahrazeny měděnou krytinou.
Špitál s kaplí sv. Maří Magdaleny byl postaven po polovině 14. století nedaleko Labské brány. Založen byl roku 1351 měšťanem Mikulášem Psutejem a jeho synem Petrem. Roku 1631 vyhořel při obléhání města Sasy.