Husitské období
V několika pokusech o dobytí města byli husité úspěšní na přelomu let 1426/1427, kdy Přerov ovládli pod vedením Jana Tovačovského z Cimburka a Přerov se tak stal důležitým opěrným bodem husitů na Moravě. Jeho zástavním držitelem byl Vok ze Sovince, který roku 1436 nakonec uznal Zikmunda Lucemburského za krále. Ten mu Přerov ponechal a povolil jeho obyvatelům přijímat pod obojí způsobou. Po husitských válkách se město postupně obnovovalo s výjimkou hradu, protože Tovačovští z Cimburka měli své sídlo v nedalekém Tovačově a o obnovu přerovského hradu neměli valný zájem. Roku 1475 získal Přerov do zástavy Vilém z Pernštejna a s ním začíná stavební rozvoj města. Roku 1484 dostal od panovníka povolení ke stavbě hradu, čímž začíná rozkvět Horního města na Kopci. Pernštejnský zámek se začal stavět na čestném místě na jihozápadní straně Horního náměstí. Roku 1487 získal Vilém z Pernštejna město i hrad do dědičného držení a tím se Přerov stává poddanským městem.
Na rozdíl od Dolního města, kde sídlili převážně utrakvisté, se v Horním městě usazovali zejména čeští bratři, členové Jednoty bratrské. I když zástavba Horního města byla omezena zejména do prostor kolem náměstí (jednalo se o 35 stavebních parcel s výjimkou zámku), a výstavba Horního města nebyla jednorázovým počinem, jde v každém případě o jeden z nejzajímavějších stavebních počinů z doby druhé poloviny 15. století. Koncem 15. století, po dokončení výstavby zámku i opevnění, se Horní město stalo skutečnou pevností. Vilém z Pernštejna výstavbu podpořil roku 1479 speciálními výsadami: každý, kdo se na Kopci usadil, byl na dobu deseti let osvobozen od placení všech dávek a daní a dřevo na stavbu domu dostal zdarma. Protože kvůli omezenému prostoru nemohly být u domů zahrádky, získali obyvatelé domů pozemky pro zahrádky na „ostrově“, měšťané mohli svobodně využívat lesy, pastviny a řeku. Od konce 15. století bylo Horní město neoficiálním hlavním bratrským městem Moravy, sídlili tu někteří bratrští biskupové, působila tu bratrská škola a od roku 1515 se tu konaly pravidelné synody. Právě zde se roku 1523 narodil pozdější biskup Jednoty bratrské Jan Blahoslav. K bohoslužbám využívali Čeští bratři nejprve kostel sv. Jiří stojící u Horního náměstí, roku 1498 byl mezi Dolní branou a řekou Bečvou, tedy za hradbami města, založen nový bratrský dům se školou a špitálem. Na přelomu 15. a 16. století bylo území Horního města zastavěno a zástavba se pak přesouvala do okolí Kopce, zejména na jeho severní a východní úpatí.
