Opevňovací systém
V prostoru Horního města bylo opevněno hradiště a toto opevnění později chránilo snad i královský hrad. V městských knihách se uvádí, že se kolem poloviny 14. století buduje opevnění Přerova – „jakož nejprve příkopu první a bližší od města Přerova počali kopati a parkan okolo města plésti“. Někteří badatelé se domnívají, že tento zápis je dokladem o opevňování Dolního města, ale ze souvislostí a uvedených jmen vyplývá, že tento zápis se týká doby prvního desetiletí 15. století a budování opevnění kolem Horního města. V zápisu je totiž uveden moravský markrabě Jošt a opavský kníže Přemek, kteří tyto posty zastávali na počátku 15. století, kdežto v polovině 14. století to byli Jan Jindřich a Mikuláš II. V době husitských i následných domácích válek bylo toto opevnění poškozeno. V 60. letech 15. století jej nechal opravit Ctibor Tovačovský z Cimburka, ale toto opevnění zaniklo v době výstavby zděného opevnění na konci 15. století, které nechali postavit páni z Pernštejna. Výstavba opevnění kolem Horního města byla dokončena nejspíše po roce 1498. V té době bylo Horní město na půdorysu oválu obehnáno dvojitými hradbami s příkopem mezi nimi. Vnitřní hradba byla zpevněna otevřenými půlválcovými baštami. Vstup do Horního města vedl dvěma branami: na severozápadní straně stávala Dolní brána, na jihovýchodní straně u kostela sv. Jiří Horní brána, kterou chránil půlválcový barbakán. Roku 1570 byla Horní brána ozdobena deskami se znaky Vratislava z Pernštejna, Marie Manriquez de Lara a města Přerova, které se dnes nacházejí na radnici na Dolním náměstí. Horní a Dolní brána byly patrové a opatřené valbovou střechou, což je patrno z Willenbergovy veduty města z roku 1593. Směrem k řece bývala fortna. Roku 1819 koupili hradební příkop měšťané, kteří zbořili část vnější hradby a stavební materiál použili na zasypání příkopu a vyrovnání terénu. Další část kamene z hradebních zdí byla použita na dláždění nebo výstavbu silnic. Po požáru roku 1830 byly zbořeny obě brány. Do dnešní doby se dochovala - s výjimkou několika kratších úseků v sousedství někdejších bran – vnitřní hradební zeď téměř v kompaktní podobě, z vnější hradební zdi stále stojí její část na severovýchodní straně města včetně poloviny barbakánu Horní brány a dva úseky na jihozápadní straně Horního města. Zachována je i fortna k řece. Celkem je dochováno osm úseků hradební zdi postavené z lomového kamene, fragmenty deseti bašt, pět úseků parkánové zdi a fortna s lomeným vstupním portálem se schodištěm. Opevnění v Přerově patří v současnosti k nejzachovanějším fortifikačním systémům měst střední Moravy.
Dolní město své hradby ani jiné vlastní opevnění nikdy nemělo, snad je možno předpokládat existenci příkopu s palisádou kolem nejméně chráněných částí sídliště. Přístup do ulic a vstupy do města chránily (alespoň později) pouze brány. Směrem k mostu přes Bečvu stávala Mostní brána, na jižním konci Žerotínova náměstí Šířavská brána, v Blahoslavově ulici Severní brána, na východním konci Palackého ulice Troubecká brána a v Kratochvílově ulici Kroměřížská brána zvaná též Hýškova. Hranolovými věžemi byly ale opatřeny jen Mostní a Šířavská brána. Hradiště a hrad. Opevněné hradiště na území Horního města vzniklo zřejmě na počátku 11. století jako opěrný bod Boleslava Chrabrého, který zabral Moravu. Po připojení Moravy k přemyslovskému státu na hradiště zřejmě navázala výstavba raně středověkého hradu, který byl součástí budovaného hradského systému. Toto středověké sídlo bylo později přestavěno na královský hrad. Jeho pozůstatkem je zřejmě zbytek kamenné opevněné stavby, která byla postavena na přelomu 12. a 13. století v areálu hradiště. Archeologický výzkum odhalil až 4,5 metrů vysoké zdi stavby postavené na obdélném půdorysu 23 x 4 metry, které byly nalezeny v suterénu domu čp. 26 v ulici vedoucí z Horního náměstí k severozápadu. Po polovině 13. století význam hradu poklesl natolik, že až do poloviny 14. století není zmíněn v žádném písemném prameni. Znovu je jako markraběcí hrad uveden roku 1351. O jeho dalším osudu víme, že byl pobořen husity a za Viléma z Pernštejna je roku 1475 uváděn jako zpustošený.